A metodologia de trabalho da Verti é baseada no processo de gestão da inovação, com o gerenciamento da tecnologia desde sua etapa inicial em fase de P&D laboratorial até seu desenvolvimento piloto e industrial. O processo é baseado em etapas e pontos de tomada de decisão, em que as tecnologias são continuamente avaliadas sobre os aspectos de viabilidade técnica e econômica para o desenvolvimento da tecnologia.
Esta metodologia de trabalho fornece um grande diferencial aos projetos Verti uma vez que permite a redução dos riscos do investimento ao mesmo tempo em que assegura o sucesso do desenvolvimento do projeto em cada fase. Em cada ponto de decisão são avaliados os resultados obtidos até o momento. Após discutir o sucesso obtido e os riscos detectados, é feita uma análise da possibilidade de continuação ou aborto do projeto, aumentando assim a garantia de sucesso e reduzindo o risco de perda de investimento.
O processo de desenvolvimento de soluções ambientais da Verti é composto de quatro fases, sendo que a primeira, a fase de laboratório, é dividida em duas etapas.

Do ponto de vista do cliente, a grande vantagem da metodologia proposta pela Verti Ecotecnologias é a possibilidade de tomada de decisão ao longo do desenvolvimento das atividades. Isso tem diversas implicações no que diz respeito ao risco tecnológico e de investimento (versus custo de alternativas) e as decisões de operacionalização do processo. A figura abaixo ilustra as vantagens da metodologia utilizada pela Verti comparada com as metodologias convencionais.